Учеба в Московском университете, встречи с выдающимися личностями того времени способствовали активной умственной деятельности, духовному и творческому росту Полонского. Он много читал, много и писал. В письме Николаю Орлову от 6 октября 1842 года он признавался: «Читаю довольно дельных книг и пишу неослабно». Подобные мысли звучат и в других его посланиях своему университетскому товарищу: «Крепко начал заниматься историею и затеваю много», «Я много прочел. Горизонт мой расширился».

Впервые стихи Полонского появились в печати в 1840 году, в сентябрьской книжке журнала «Отечественные записки», в то время издаваемого А.А. Краевским.

Яков, как обычно, зашел в кондитерскую выпить кофе и почитать свежие журналы. Пролистал пришедшие из Петербурга «Отечественные записки» и вдруг - о радость, о чудо! - увидел на двести двадцать пятой странице свое стихотворение. Сначала он не поверил своим глазам. Опубликованные строки произвели на него сильное, но странное впечатление - они как будто стали чужими, отделились от него и жили какой-то своей жизнью, независимой от воли автора.Яков прочитал собственные стихи раз и другой - и словно не узнал их, а они все отчетливей отзывались в его душе, все сильнее притягивали его внимание:

Священный благовест торжественно звучит –
Во храмах фимиам, - во храмах песнопенье;
Молиться я хочу, - но тяжкое сомненье
Святые помыслы души моей мрачит.

В этих стихах юного поэта уже явственно заявляют о себе основные мотивы его творчества. Здесь и «чарующая мечта», и «дыханье бурь», и «бездонный мрак». Здесь и раздвоенность чувств: «И верю я - и вновь не смею верить...» Реальное и увиденное во сне как бы переплетается в единый узор образов - и из обычных слов возникает живая поэтическая картина. Как происходит такое чудесное превращение?

По мнению литературоведов, уже первым своим опубликованным произведением Яков Полонский заявил о своем оригинальном поэтическом таланте.

В 1841 году его стихи появились на страницах учено-литературного журнала «Москвитянин», который придерживался «официальной народности» и оставался в ту пору единственным журналом в Москве. В числе других произведений начинающего поэта (в частности, ставшей вскоре широко известной фантазии «Солнце и Месяц») было опубликовано стихотворение «Арарат», написанное во время проживания у князя Мещерского:

Стою я, неприкосновенный,
Уже пятидесятый век;
Но вот от Запада, надменный,
Пришел властитель человек...
…………………………………
Он не почтил моей святыни;
Достиг, презрев мертвящий хлад,
Венца. - «Я без венца отныне», -
Сказал - и рухнул Арарат...

Почему в голову молодому человеку пришла библейская легенда о Ное? С чего бы вдруг он в своих фантазиях дошел до того, что Арарат, якобы, рухнул? Ответить на эти вопросы, пожалуй, не смог бы и сам поэт. Очевидно, не случайно Полонский впоследствии не включил стихотворение «Арарат» в свое собрание стихотворений.

Как-то раз в кофейне Бажанова, куда захаживали актеры М.С. Щепкин, П.М. Садовский и другие служители Мельпомены, студент Полонский наблюдал такую сцену.

Актер и автор водевилей Д.Т. Ленский, слывший остряком, поднял пустую бутьшку из-под только что выпитого шампанского и, обращаясь к пустой посудине, провозгласил:

В смысле так не философском,
С чем тебя сравняю я?
В «Наблюдателе» московском –
Философская статья!

Присутствующие разразились громким смехом. Дело в том, что речь шла о журнале «Московский наблюдатель», который усилиями В.Г. Белинского стал органом философского кружка Н.В. Станкевича. В 1839 году журнал прекратил свое существование из-за недостатка средств и поэтому сравнение «Наблюдателя» с пустой бутылкой представлялось вполне уместным.

Читавший все попадавшиеся ему номера свежих журналов, Яков Полонский ясно видел разворачивающуюся на страницах печатных изданий борьбу славянофилов и западников, представителей разных направлений критической мысли, но сам предпочитал держаться в стороне от литературно-философских баталий.