Отмена крепостного права, осуществленная царским правительством в 1861 году, не дала ожидаемых результатов, и, хотя Полонский был далек от политики, душа поэта ощутила половинчатость проводимых реформ, и он высказал свое скептическое отношение к ним:

Не знаю, что думает русский мужик,
Который и думать-то вовсе отвык...
Освобождаемый добрым царем,
Все розги да розги он видит кругом,
И думает он: то-то станут нас бить,
Как мы захотим на свободе-то жить...

В призрачности дарованной государем свободы Яков Петрович вскоре убедился воочию, когда весь литературный Петербург был потрясен известием об аресте 14 сентября 1861 года Михаила Михайлова, с которым Полонский некогда был в дружеских отношениях. За что был арестован литератор, придерживающийся революционно-демократических взглядов, было неизвестно. Поговаривали, что он распространял прокламацию «К молодому поколению», написанную Шелгуновым, и был выдан полиции неким В.Д. Костомаровым.

Тревожное известие гуляло по Петербургу, как пронизывающий осенний ветер. Едва ли не сильнее многих волновался граф Кушелев-Безбородко, чей журнал «Русское слово» после ухода из него Полонского обретал все более зримые черты революционно-демократического издания. С приходом в журнал демократа Благосветлова на его страницах стали публиковаться острые статьи Писарева, Шелгунова, Зайцева. «Русское слово» выступало против самодержавия и крепостнических порядков, против либералов и сторонников «чистого искусства», сближаясь по своим идейным позициям с «Современником».
Известие об аресте Михайлова ударило по сотрудникам «Русского слова», как гром среди ясного неба. «Дня через два в доме графа Кушеле-ва собрались многие литераторы - обсудить то, что произошло, и что-то предпринять, чтобы выручить собрата из беды, - описывал тревожную ситуацию С.С. Тхоржевский. - Решили подать петицию министру народного просвещения Путятину. Петицию поручили тут же составить публицисту Громеке, а подать ее - депутации из трех человек: графа Кушелева, Громеки и Краевского. Подписали петицию тридцать литераторов самых разных направлений.

Полонский ее не подписывал - это можно объяснить только тем, что на собрании у Кушелева он не был и подписать ему не предложили.

Путятин не соизволил принять депутацию в полном составе, сделал исключение для графа Кушелева. Граф заявил, что он пришел как представитель сословия литераторов, - Путятин сердито сказал, что такого сословия не знает, однако петицию принял. О ней доложили царю. Царь был возмущен, счел письмо литераторов «совершенно неуместным» и повелел исключить графа Кушелева-Безбородко из числа камер-юнкеров».

Михайлов во время следствия вел себя мужественно и не выдал своего друга Шелгунова, автора злосчастной прокламации.

Судья, глядя исподлобья, задал провокационный вопрос:

- Господин Михайлов, а не действовали ли вы против правительства и как именно?

- Да, я действовал против правительства путем пропаганды, - нисколько не смутившись, заявил Михаил Ларионович. - Я старался сообщить народной массе те идеи, при понимании которых невозможен существующий порядок вещей.

М.Л. Михайлов перед отправкой на каторгу. 1862 г.

Судья и все присутствовавшие на заседании были потрясены столь откровенным заявлением. Выяснилось, что минувшим летом Михайлов вместе с четой Шелгуновых побывал за границей. В Лондоне встречался с опальным Герценом, который согласился напечатать в типографии прокламацию «К молодому поколению». Михайлов возвратился в Петербург раньше Шелгуновых и привез с собой шесть экземпляров прокламации, в которой были такие слова, обращенные к молодежи: «Не забывайте того, что мы обращаемся к вам по преимуществу, что только в вас мы видим людей, способных пожертвовать личными интересами благу всей страны. Мы обращаемся к вам потому, что считаем вас людьми, более всего способными спасти Россию... Мы хотим выборной и ограниченной власти, свободы слова, всеобщего самоуправления, равенства всех перед законом и в государственных податях и повинностях, точного отчета в расходовании народных денег, открытого и устного суда...»

Ну что поделать с этими смутьянами? Суда захотели? Что ж, устроим вам суд! Герцен, напечатавший прокламацию, находится далеко за пределами России, его не достать, а Михайлов - вот он, рядом. Значит, по всей строгости закона отвечать придется ему. Ну, а если злоумышленник не выдает своих сообщников - это его личная беда, ответит за всех...

В начале декабря состоялся суд, на котором Михайлова приговорили к шести годам каторжных работ и пожизненному поселению в Сибири.

Полонский, услышав о приговоре, был потрясен и решил навестить несчастного друга в тюрьме. Хотя их взгляды на общество, а следовательно, и на жизненный путь разошлись, Яков Петрович был верен былой дружбе. «Вчера был у нового генерал-губернатора, - сообщал он Сон-цеву, - просил позволения видеться с Михайловым. Мне завидно, что он идет на каторгу, - кажется, с удовольствием пошел бы на его место...»
У Полонского долгое время хранился автограф стихотворения Михайлова «Крепко, дружно нас в объятья...», под которым стояла приписка: «Написано в Петропавловской крепости для передачи студентам. 1861г.».

Заканчивалось стихотворение завещанием-пожеланием, адресованным революционно настроенной молодежи:

Будь борьба успешна ваша,
Встреть в бою победа вас,
Но минуй вас эта чаша,
Отравляющая нас.

14 декабря (в памятный день восстания декабристов 1825 года — случайно ли?) осужденного заковали в кандалы и еще затемно привезли на площадь Сытного рынка. «Посмотреть на привезенного арестанта собралась на заснеженной площади небольшая толпа - случайные прохожие, - пишет С.С. Тхоржевский. - На специально сооруженном помосте был совершен над Михайловым обряд гражданской казни: при барабанном бое поставили его на колени, прочитали приговор, переломили над головой осужденного шпагу. Затем его отвезли обратно в крепость.

В полдень к нему на свидание допустили нескольких близких ему людей, в том числе Шелгунова и Полонского».

О чем они говорили - неизвестно, но оставшиеся в Петербурге друзья тогда еще не знали, что видят Михайлова в последний раз...

С каторги Михайлов прислал Полонскому несколько писем. «Милый друг Яков, - писал он в одном из них, — вот тебе случай показать мне твою дружбу. Ты знаком с разными лицами высокого полета. Объехай их, ради Бога, и узнай, за что арестованы близкие мне люди здесь, в Сибири, в Нерчинском округе... Я думаю, что в лучшие минуты сердце твое говорило тебе, что я все-таки искренно и тепло люблю тебя».Неизвестно, обращался ли Полонский по просьбе Михайлова к кому-то из влиятельных лиц, но вероятнее всего он этого не сделал - не потому, что боялся за свою участь, а просто потому, что таких людей не знал. Да и чем мог он помочь другу, томящемуся в сибирской глуши по решению суда?

Голгофа Михаила Ларионовича была крутой и безжалостной, но духом он не сломился: даже в тяжелейших условиях продолжал заниматься литературным трудом. Писал автобиографический роман «Вместе», «Сибирские очерки», «Записки» - воспоминания о следствии по его делу и суде, о дороге на каторгу...

Но каторжные лишения и болезни преждевременно подточили здоровье Михайлова, и 2 августа 1865 года его не стало...

Четыре года спустя после смерти Михайлова Л.П. Шелгунова писала Полонскому: «Покойный Михайлов всегда чувствовал к Вам слабость, так что Мих. мне постоянно говорил в Сибири, что если он умрет, то желал бы, чтобы биография его была написана Вами. Это он мне всегда говорил».

Биографию Михайлова Полонский не написал (да и знал ли он ее?), но в своих воспоминаниях тепло отзывался о литераторе-революционере и запечатлел его образ в стихах.

Потрясенный смертью товарища, Полонский на основании варианта стихотворения 1846 года написал «Стансы». Стихотворение было опубликовано год спустя в «Женском вестнике» и позднее вошло собрание сочинений Полонского 1885 года под заглавием «Спустя 15 лет»:

Иных людей я жаждал встретить,
Иные страсти испытать,
На зов их трепетом ответить,
Торжествовать иль погибать.

Пора титановских стремлений,
Дух бескорыстного труда,
Часы горячих вдохновений,
Куда умчались вы, - куда!

Новорожденные титаны,
Где ваши тени! - я один
Поклонник ваш, скрывая раны,
Брожу, как тень, среди руин...

В борьбе утраченные силы,
Увы! не скоро оживут...
Молчат далекие могилы, -
Темницы тайн не выдают.