Недовольство политикой правительства, как тесто в квашне, забродило и в стенах Петербургского университета. Причина была в том, что правительством была предпринята реформа высшего образования, которая предполагала осуществление университетской автономии, отмененной при Николае I. Автономия предусматривала самоуправление профессорских корпораций, выборность ректоров, деканов, профессоров. Новый университетский устав предполагал некоторую самостоятельность высших учебных заведений в решении административно-хозяйственных вопросов.

Но если профессорско-преподавательский состав получил право самостоятельно решать свои внутренние проблемы, то студенты этого права не дождались. Возмущала молодежь, особенно из среды разночинцев и обедневших дворян, и обязательная плата за обучение, предусмотренная реформой. К тому же министр образования Путятин ввел так называемые «матрикулы» - зачетные книжки, без которых студенты в стены учебного заведения не допускались.

Петербургское студенчество стало открыто высказывать недовольство реформой, возмущения выплеснулись на улицы и прокатились по городу волной демонстраций.

Начались аресты студентов, затем последовали исключения из высших учебных заведений наиболее активных участников митингов и демонстраций. Некоторые высшие школы были закрыты из опасения беспорядков.

Полонский наблюдал за происходящим, и его сердце не могло оставаться равнодушным к событиям в студенческой среде. Ему были близки возмущенные чувства студентов (сам некогда сидел на университетской скамье). «Университет в прошлое воскресенье закрыт и запечатан, - сообщал он 27 сентября в письме Софье Адриановне Сонцевой, дочери своего приятеля, в Брюссель. - В понедельник толпа студентов, т.е. все студенты пошли к попечителю узнать, что это значит, - их окружило войско... Ночью взято под арест до 70 студентов. Умы раздражены, весь город в волнении. Публика сочувствует студентам... Как хорошо, что вы не в Питере, как бы волновались, как бы негодовали!»

С.С. Тхоржевский так описывает дальнейшие события: «Две недели спустя толпа студентов собралась возле запертого университета, попыталась силой войти внутрь. Двести сорок человек было арестовано и доставлено в Петропавловскую крепость. Оттуда их через несколько дней перевели в Кронштадт. И заперли там в палатах госпиталя.

В числе арестованных были сын Андрея Ивановича Штакеншнейдера Адриан и шестнадцатилетний Александр Сонцев, который и студентомеще не был. Отец его Адриан Александрович жил тогда в Витебске, и Полонский решил немедленно сообщить ему о происшедшем. «Нынче был я у Штакеншнейдеров... - писал он. - За обедом, слышу, говорит Бенедиктов: "Вот и Сонцев был также взят, хоть он и не студент, и молодой человек сам не знает, за что его взяли "».

Присутствовавшие на обеде встревожились не на шутку, а Полонский, чувствительная к чужой беде натура, стал хлопотать об освобождении пленников. 1 ноября в Витебск отправилось новое письмо Якова Петровича: «Милый друг Адриан!.. Вчера пронесся слух, что кронштадтские пленники опять переведены в крепость. Нынче утром я туда отправился в объезд, ибо мосты все разведены. Виделся с комендантом, рассказал ему, в чем дело. Комендант сказал мне, что сейчас бы позволил мне видеться с твоим сыном, если бы он был в крепости, но все отвезенные в Кронштадт еще в Кронштадте. Ранняя зима с морозами до 10 градусов, застывшая Нева и снег по колено совершенно прервали всякое сообщение с Кронштадтом».

В начале декабря большинство арестованных студентов власти выпустили на свободу. Полонский радовался тому, что и его хлопоты об освобождении детей знакомых и друзей оказались не напрасными.